Gameplay "Battle of Dungeon" Dalam Game Ryu ga Gotoku Ishin!

Permainan sampingan ini muncul di markas Shinsengumi. Ide dasarnya adalah pemain harus melewati dungeon dan melawan musuh dengan mengambil item di sepanjang jalan, sebelum akhirnya mengalahkan mini-boss. Tugasnya bervariasi dari hal-hal seperti mengumpulkan kotak uang curian hingga menyelamatkan warga sipil yang diculik. Seperti permainan sampingan Clan Creator di judul selanjutnya, Battle Dungeon yang melibatkan "Soldier Cards," yang menampilkan berbagai karakter berbeda dan dinilai berdasarkan kelangkaannya. Tiga dari mereka harus dipilih, salah satunya pergi di tempat "corporal", dan dua lainnya adalah tentara biasa. Slot kopral memberikan kemampuan tambahan, seperti dapat menambahkan kartu prajurit tambahan.
Pemain tidak benar-benar bertarung bersama tentara di ruang bawah tanah. Sebaliknya, Kartu Prajurit memberi pemain kemampuan khusus seperti meningkatkan kekuatan atau memulihkan kesehatan, dengan menahan L2 dan menekan D-pad ke arah kemampuan yang diinginkan. Ini menghabiskan pengukur kemampuan mereka, yang akan mengisi ulang secara otomatis setelah beberapa saat. Kartu Prajurit tidak sepenuhnya diperlukan bagi pemain untuk mengalahkan level, tetapi sangat berguna.
Kartu prajurit dapat "synthesized" dengan menggabungkannya dengan kartu lain untuk memberikan pengalaman ekstra pada kartu dasar dan mungkin meningkatkan kemampuan. Terakhir, setelah kartu mencapai level maksimumnya, kartu tersebut dapat digabungkan dengan senjata tertentu untuk memberikannya "kelahiran kembali", di mana levelnya akan direset kembali ke nol, tetapi kartu tersebut mempertahankan statistiknya saat ini, sehingga dapat ditingkatkan lebih lanjut. Jenis senjata yang dibutuhkan untuk ini dapat dilihat pada gambar prajurit yang diberikan, baik itu Pedang, Tombak, atau Senjata. Kartu Prajurit dibagi menjadi beberapa kategori berikut:
Attack (Merah): Meningkatkan kekuatan pemain
Pertahanan (Biru): Meningkatkan pertahanan pemain
Medis (Hijau): Memulihkan kesehatan pemain
Dukungan (Ungu): Meningkatkan efektivitas kemampuan kartu prajurit lainnya
Assist (Oranye): Membunuh/melukai semua musuh di sekitar, memulihkan pengukur kemampuan kartu prajurit lain, atau secara otomatis meningkatkan pengukur panas tergantung pada kartu yang dipilih
Pelatih (Abu-abu): Kartu-kartu ini tidak dapat digunakan atau ditingkatkan, mereka hanya ada untuk meningkatkan kemampuan kartu lain melalui sintesis
Beberapa level Battle Dungeon membutuhkan penggunaan hanya satu kelas kartu prajurit: Serangan dan Pertahanan masing-masing. Battle Dungeon memungkinkan pemain untuk mengambil item yang sulit didapat di tempat lain, yang membuatnya berperan penting dalam kustomisasi senjata/armor.