Alur Cerita Pokemon Mystery Dungeon: Red Rescue Team and Blue Rescue Team

Pemain yang pada awalnya sebagai manusia suatu hari bangun sebagai Pokemon. Bencana alam sudah mulai terjadi di dunia Pokemon. Butterfree muncul dan meminta pemain dan pasangannya menyelamatkan bayinya Caterpie, yang ada di Tiny Woods. Setelah Caterpie diselamatkan, tim penyelamat yang belum terbentuk menerima Oran Berry, Pecha Berry, dan Rawst Berry dari Butterfree. Setelah Butterfree dan Caterpie hilang, pasangan pemain akan membawa pemain kembali ke rumahnya yang kemudian menjadi markas tim penyelamat. Lalu akan ada permintaan untuk penyelamatan lain. Permintaan itu terjadi di Gua Thunderwave. Permintaannya adalah untuk menyelamatkan dua Magnemite yang terjebak bersama. Seseorang akan melanjutkan untuk bergabung dengan tim setelah pemain mendapatkan Friends Area.
Caterpie datang ke pangkalan penyelamatan dan meminta bantuan Pemain untuk menyelamatkan temannya Metapod. Team Meanies datang ke pangkalan dan mencuri permintaan dari kotak surat, menyatakan bahwa mereka akan menyelamatkan Metapod yang malang dan meminta Caterpie bergabung dengan tim mereka. Jumpluff mati-matian memohon bantuan dari Shiftry untuk menyelamatkan temannya yang terjebak di Silent Chasm. Setelah Shiftry gagal kembali, Jumpluff datang ke Basis Tim Penyelamat dan meminta bantuan Pemain untuk menyelamatkan temannya dan Shiftry. Shiftry diculik oleh Zapdos, yang kemudian membawanya ke puncak Gunung Thunder.
Tim Penyelamat kemudian pergi ke Hills of Ancient untuk berbicara dengan Xatu, mereka pergi ke sana untuk penjelasan mengapa pemain itu berubah menjadi Pokemon. Pemain kemudian belajar dari legenda Ninetales. Legenda itu berbicara seperti berikut ini: Suatu hari, seorang manusia membuat marah seorang Ninetales dengan menarik salah satu ekornya yang akhirnya dikutuk. Gardevoir manusia itu melindungi tuannya dari kutukan, dan manusia itu meninggalkan Gardevoir. Ninetales seperti itu agar manusia akan terlahir kembali sebagai Pokemon, dan ketika itu terjadi, keseimbangan alam akan hancur.
Gengar, dari Team Meanies mendengar percakapan ini dan meyakinkan semua Pokémon di Pokémon Square bahwa pemain tersebut adalah Pokémon dalam legenda. Pokemon di kota kemudian menjalankan pemain dan pasangannya ke luar kota. Untuk melarikan diri dari gerombolan Pokémon yang mengejar mereka, mereka menjelajah ke Gua Lapis dan Gunung Blaze di mana mereka bertarung melawan Moltres. Setelah Moltres dikalahkan, tim memasuki Frosty Forest dan bertemu Articuno. Begitu mereka mengalahkan Articuno, dia mencoba menyerang mereka sekali lagi, dan seorang Absol masuk dan masuk, memberi tahu Articuno tentang bencana alam yang terjadi di tempat lain. Absol kemudian bergabung dengan tim.